Osobní život Petra Čepka byl také pestrý. Byl třikrát ženatý a měl dvě dcery, Petru a Kristýnu, z druhého a třetího manželství. Navzdory jeho veselému charakteru byl často obsazován do rolí komplikovaných a bouřlivých postav.
V roce 1993 dostal nabídku na hlavní roli ve filmu Jana Švankmajera „Lekce Faust“. Během natáčení mu však byla diagnostikována rakovina slinivky v pokročilém stadiu. I přes bolest dokončil práci na filmu, ale premiéry se již nedožil. Zemřel 20. září 1994, pouhý den po svých 54. narozeninách. Za svou poslední roli získal posmrtně Českého lva, což bylo uznání jeho mimořádného talentu a přínosu české kinematografii.
