Dále působil v Divadle E. F. Buriana a byl režisérem v Divadle na Vinohradech. Od roku 1990 až do roku 2015 byl výrazným členem Činohry Národního divadla. Kromě divadla Kačer pravidelně vystupoval v mnoha populárních televizních seriálech, mezi nimiž byly Ordinace v růžové zahradě, Specialisté, Rodinná pouta nebo Dáma a Král. Jeho poslední filmovou rolí byla postava ve snímku Moc v roce 2023.
Jan Kačer byl manželem české herečky Niny Divíškové, s níž sdílel nejen svůj osobní, ale i profesionální život. Jeho odkaz a vliv na české divadelnictví a film bude připomínán dlouho potom, co nás opustil.
