V Národním divadle zůstala až do roku 1990, kdy z divadla odešla kvůli neshodám s vedením činohry. Poté se připojila k Divadlu na Vinohradech, kde hrála významné role až do roku 1994.
Její sestra Dana Hlaváčová a dcera Lucie Matoušková jsou také herečky. Jana Hlaváčová měla dvě manželství, první s Jiřím Michným a druhé s Ludkem Munzarem.
V roce 1959 se poprvé objevila ve filmu jako studentka DAMU. V televizi hrála v seriálu Hraběnky a v dětských pořadech České
televize.
V roce 2011 přerušila svou uměleckou kariéru kvůli deprese související s Parkinsonovou nemocí. Krátce se věnovala i politice, ale v roce 1990 rezignovala na svůj mandát ve Sněmovně lidu Federálního shromáždění.
